FPGA在實時基因組測序計算大顯身手，把測序時間從30小時縮短到26分鐘！

　　基因組測序是一種新型基因檢測技術(shù)，它可以從血液或者唾液中分析測定基因全序列，用來預(yù)測疾病，個人的行為特征等等。實現(xiàn)這一項技術(shù)需要海量的計算支持，常常需要等待一段時間才可以獲得檢測結(jié)果。然而，Edico Genome推出的“龍”硬件加速卡將測序計算時間由30小時縮短到26分鐘，很快就可能優(yōu)化實現(xiàn)實時計算的目標。

　　IBM Power Systems最近在《華盛頓郵報》官網(wǎng)上發(fā)表了題為“Powerful computing crunches genomic data at warp speed”的文章，文章描述了Edico Genome使用硬件加速器來加速基因研究的海量計算。Edico Genome董事長兼CEO Pieter van Rooyen和他的團隊在南非進行血液分析的工作，主要面向兩種疾?。喊滩?HIV)和肺結(jié)核(tuberculosis)。同時他們也開發(fā)了一款定制的硬件加速卡來加速計算，這款加速卡就是“龍”卡，卡上集成了基于IBM Power8處理器的S822LC高性能計算服務(wù)器和Xilinx 28nm FPGA。

　　加速卡計算的效果如何呢?“之前一個基因組測序需要大約30小時” van Rooyen說，“我們已經(jīng)把計算時間降到26分鐘，很快，我們就會進一步優(yōu)化到10分鐘”。他預(yù)計一個全序列基因編譯可以在接近實時的時間內(nèi)完成。